隨著高通量DNA測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，越來(lái)越多的物種完成了基因組測(cè)序。現(xiàn)階段基因組的注釋主要依靠生物信息學(xué)分析完成基因組蛋白編碼區(qū)等的預(yù)測(cè)，其錯(cuò)誤率較高，缺乏實(shí)驗(yàn)證據(jù)。近年來(lái)，蛋白組基因組學(xué)（proteogenomic）的逐漸興起，蛋白組基因組學(xué)并結(jié)合表達(dá)組學(xué)能夠從基因組編碼蛋白和轉(zhuǎn)錄組層面對(duì)生物信息學(xué)的分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證、完善，顯著提高了基因組注釋的準(zhǔn)確性。
   紅色毛癬菌是重要的淺表感染真菌，也是人類(lèi)病原絲狀真菌研究重要的模式生物。紅色毛癬菌的基因組測(cè)序和注釋于2010年由Broad Institute 完成。金奇課題組應(yīng)用串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)對(duì)紅色毛癬菌的全蛋白質(zhì)組進(jìn)行分析并結(jié)合該真菌在不同生長(zhǎng)時(shí)相的轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)對(duì)基因組原有注釋進(jìn)行了驗(yàn)證和完善，共確證了4,291個(gè)基因的表達(dá)產(chǎn)物，修正了161個(gè)注釋錯(cuò)誤的基因編碼區(qū)并發(fā)現(xiàn)了9個(gè)以前未注釋的新基因。這些結(jié)果為今后基因組數(shù)據(jù)在紅色毛癬菌及其他高同源淺表感染真菌遺傳特點(diǎn)和致病性研究中的利用打下了基礎(chǔ)。該研究采用的方法整合了蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，在轉(zhuǎn)錄水平和表達(dá)水平進(jìn)行相互驗(yàn)證，結(jié)果互相補(bǔ)充，這一方法對(duì)其他基因組的精確注釋有借鑒意義。