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基于多組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)未知病原體；解析重要病原體宿主、傳播媒介和臨床癥候群病原組特征，闡明病原體相互作用機(jī)制；建立野生動物攜帶病原體跨種風(fēng)險基因譜特征識別新算法和跨種傳播功能驗證泛適新模型，探索人畜共患病原體跨種感染的生態(tài)驅(qū)動力和群體限制因素；對傳染病不同信息暴露節(jié)點(diǎn)的多元數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)融合，構(gòu)建預(yù)警多源異構(gòu)數(shù)據(jù)集，建立“發(fā)現(xiàn)-研判-預(yù)警”三位一體的多點(diǎn)觸發(fā)智慧化預(yù)警模式；以適宜不同特征人群的防控策略為目標(biāo)，開展傳染病決策模擬、時空立體態(tài)勢演化智能交互研究，探索傳染病防控科學(xué)應(yīng)急處置和物資儲備保障機(jī)制。

以引起呼吸道感染的重要病毒、細(xì)菌、真菌以及其他非典型病原體為主要研究對象，開展病原體基因組結(jié)構(gòu)變異、進(jìn)化動力學(xué)和流行特征研究；利用系統(tǒng)生物學(xué)手段和前沿創(chuàng)新技術(shù)研究病原體感染致病新機(jī)制，著重揭示病毒基因組RNA對宿主的擾動機(jī)制，建立動態(tài)、多尺度的病原體時空傳播和致病風(fēng)險全景網(wǎng)絡(luò)；整合病原體群體傳播動力學(xué)理論和時空智能交互的決策模型，結(jié)合化學(xué)測量技術(shù)，解析病原體傳播的微觀機(jī)制，發(fā)現(xiàn)新型干預(yù)傳播和致病的新靶點(diǎn)，多角度多層次構(gòu)建病原體傳播風(fēng)險智慧化評估技術(shù)體系；開展流行病與疾病負(fù)擔(dān)研究，描繪其流行特征變化趨勢，評價疫苗與非藥物干預(yù)措施的效果，為優(yōu)化防控策略與措施提供證據(jù)。

針對新冠病毒、流感病毒和結(jié)核分枝桿菌基因組突變導(dǎo)致耐藥或免疫逃逸問題，發(fā)展“以不變應(yīng)萬變”和“廣譜通用”策略的預(yù)防干預(yù)共性技術(shù)。建立基于結(jié)構(gòu)的從頭設(shè)計、智能算法的空間模擬，免疫新靶點(diǎn)和反向疫苗理論的疫苗抗原設(shè)計與優(yōu)化技術(shù)，突破RNA修飾和免疫原性增強(qiáng)技術(shù)，結(jié)合新型遞送系統(tǒng)與佐劑，發(fā)展mRNA疫苗、載體疫苗和蛋白疫苗等新型廣譜疫苗技術(shù)；以高效廣譜中和抗體和膜融合抑制劑為突破口，完善超大容量通用性抗體庫及肽庫快速篩選技術(shù)平臺，開展廣譜中和抗體和融合抑制劑研究。構(gòu)建治療與預(yù)防技術(shù)產(chǎn)品的快速研發(fā)體系，為傳染病干預(yù)策略的制定提供科技支撐。