近年來新興的第三代測序技術（如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore）能夠產生出幾Kbp甚至幾十Kbp的長序列片段，因而使得從頭測序（de novo sequencing）逐漸取代重測序（resequencing）成為病原菌基因組學研究的重要技術。由此產生的大量病原菌完整基因組序列，促使研究人員對病原菌毒力因子的快速準確的數據分析產生了迫切的需求。病原菌毒力因子數據庫（簡稱VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由我所重點實驗室2004年建立并長期維護，經過十多年的持續升級和更新已經發展成為國際上最大的病原菌毒力因子資源中心，被國內外同行廣泛使用。在此基礎上，楊劍課題組的博士研究生劉博等自主設計開發了全新的病原菌毒力因子在線分析系統VFanalyzer。該系統首先通過直系同源蛋白（orthologs）的識別避免了由旁系同源（paralogs）帶來的假陽性。然后利用VFDB的分層數據集進行循環迭代式的相似性檢索，從而顯著提高了毒力因子識別的靈敏度和特異性。最后，還設計開發了基于基因簇位置信息的毒力因子識別優化算法，使得自動分析系統VFanalyzer達到了毒力因子識別準確率接近人工分析的水平。該分析系統一經推出，立刻受到了國內外相關領域研究人員的廣泛關注。截至目前，系統在線運行不到四個月，已經完成了來自全球的超過一千株病原菌基因組的毒力因子分析任務。近日，VFanalyzer相關研究論文在線發表于生物信息學領域國際著名期刊《Nucleic Acids Research》2019年數據庫專刊。