肺微生物組在肺結核的病理生理過程中起著重要的作用。目前只有少數基于16S rDNA擴增子測序的研究報道，關于結核分枝桿菌和肺微生物組之間的相互作用有待進一步深入研究。本研究利用鳥槍宏基組測序（shotgun metagenomic sequencing）系統分析比較了30例結核分枝桿菌陽性 (MTB+) 和30例結核分枝桿菌陰性(MTB-)肺結核患者支氣管肺泡灌洗液(BAL)的肺微生物組。

MTB+ 患者肺微生物組Alpha多樣性相比MTB-患者顯著降低。MTB+患者和MTB-患者肺微生物組Beta多樣性存在顯著差異。MTB+肺微生物組以MTB為主，而MTB-微生物組中富含Streptococcus, Prevotella, Nesseria, Selenomonas 和 Bifidobacterium，接近健康人肺微生物組成。網絡(Network analysis)分析表明MTB對肺微生物群落結構有顯著影響。MTB+和MTB-群落表現出明顯的差異性功能特征。肺部真菌微生物群落也與結核分枝桿菌的存在與否有關。此外，本研究對16S rDNA擴增子測序和鳥槍宏基組測序方法進行了比較，結果證實了16S rDNA擴增子測序嚴重低估了微生物組中結核桿菌的豐度，不適合肺結核桿菌相關微生物組學研究。

本研究首次利用宏基因組測序技術探索結核分枝桿菌與宿主菌群之間的相互作用。MTB+患者的肺微生物組中以MTB為主，而MTB-患者的肺微生物組中以鏈球菌富集為主。