全球新發突發病毒性傳染病不斷涌現，嚴重威脅人類健康、經濟發展、社會穩定和國家安全。快速準確地篩查確證引發疫情的病毒，是病毒性傳染病疫情應急處置及綜合防控鏈條中的關鍵所在。然而由于病毒種類多、差別大、變異快及動物來源新病毒跨種傳播等原因，使新發病毒的快速檢測成為全球性難題。

近年來新興的宏基因組學技術可以在一次實驗中獲得檢測樣本內所有生物基因組的序列片段，具有所需樣本量少、通量高、靈敏度高及時間短等特點，為解決新發病毒的高通量快速組合檢測難題開辟了新的路徑。因此，宏基因組技術用于病毒檢測的方法學研究成為了近十年來國際傳染病研究領域的焦點之一。但是國際上早期的探索大部分采用了以羅氏454為代表的長序列片段測序技術作為宏基因組研究的基礎，存在測序深度不足而導致檢測靈敏度不夠等缺陷。我所科研人員準確把握了測序技術的發展前沿趨勢，自2008年起在國際上率先嘗試利用以Illumina 為代表的短序列片段深度測序技術，開展基于宏基因組的臨床樣本病毒組合篩查的方法學探索。先后破解了適用于不同臨床樣本的病毒分離、富集和擴增關鍵技術，突破了大數據挖掘關鍵技術，首創了宏基因組數據歸一化和病毒信號識別量化指標，成功通過對呼吸道病毒組的系統分析，實現了臨床樣本的宏基因組學高通量病毒檢測。2011年發表的相關研究論文，被《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》雜志（俗稱Blue journal）的綜述文章引證為“最早利用測序技術分析呼吸道病毒組的研究工作之一”，并且被《Nature Biotechnology》雜志2012年首篇相關綜述文章列舉為了成功利用高通量測序技術進行臨床診斷的唯一范例。

近期，我所申請的“基于宏基因組學的病毒感染檢測及鑒定方法”發明專利獲得正式授權，為我所建立基于宏基因組學的新型病原體組合篩查鑒定實用技術體系奠定了堅實的基礎。