根據教育部科技發展中心《關于2016年度高等學校科學研究優秀成果獎（科學技術）授獎項目公告的通知》以及《中華醫學會關于2016年中華醫學科技獎獎勵的決定》，我所作為唯一完成單位的“基于宏基因組學的新型病原體組合篩查鑒定實用技術體系及應用”項目榮獲教育部高等學校科學研究優秀成果獎科技進步獎一等獎和中華醫學科技獎二等獎。

我所獲獎項目在國家多個科技計劃的支持下，歷經十五年的探索、攻關，從解析病原體全基因組序列開始，到自主建立多種病原體基因和毒力因子等數據庫，到高通量宏基因組病原體篩查策略和單個感染細胞/病原體的分離、富集和擴增等技術，再到大數據分析的軟硬件系統、分析流程及質量控制系統等，自主創新結合集成創新，發展出一套全新的病原體組合篩查實用技術體系。利用該技術體系在國際上首次開展了對蝙蝠和鼠類樣本攜帶病原體的篩查研究（人類多種新發傳染病的來源，其所攜帶病毒與已知病毒基因組的同源性大多低于60%），和臨床病例的應用研究，證實其具備了快速、靈敏、特異、準確等特點，可在 72 小時內能夠同時檢測數千種/型已知和未知病原體，首次基本實現了可同時檢測出樣品中所有已知和未知病原體的目標。檢測能力從一次只能檢測幾種/型或幾十種/型同類別病原體提升為一次能夠檢測數千種/型各種類別病原體。此外，該技術體系還能夠展示樣本中病原體譜及量的變化，為評估診療效果、了解疾病進程等提供了重要基礎。《Nature Biotechnology》雜志將其列為全球成功利用高通量測序技術進行臨床診斷的代表之一。該技術體系成功應用于我國甲型 H1N1、H7N9、H10N8 流感及手足口病等歷次重大新發傳染病疫情以及多次重大醫療任務的病原體篩查、確證等。項目顯著提升了我國新發突發傳染病的防控、診治水平，產生了顯著的社會和經濟效益。