淋病是世界常見的性傳播疾病之一，其病原體淋球菌的耐藥性作為嚴重的公共衛生問題受到重點關注。淋球菌的耐藥機制十分復雜，已知的耐藥相關位點分布在十余個耐藥基因中，并且呈現為單核苷酸多態性、馬賽克樣變異、質粒獲得等多種形式。因此，對一株淋球菌的耐藥特征進行完整描述，需要對十余個耐藥相關基因測序。如果使用常規的PCR-Sanger測序技術，必須首先在臨床樣本中分離到淋球菌，然后完成大量的重復實驗和序列分析，十分繁瑣。

為了解決上述問題，彭俊平課題組基于納米孔測序技術平臺，應用多重PCR擴增子測序的策略，僅使用一個PCR反應就可以在臨床樣本中直接擴增與淋球菌耐藥性相關的十余個基因。利用測序數據進行互相校正，測序的準確度可以達到99.5%以上，檢測的靈敏度可以低至31拷貝/微升。同時分析12個臨床樣本，只需要7-10個小時的時間就能得到耐藥相關基因的全序；而對已分離的菌株進行檢測則需要的時間更短。

該方法建立之后，可以作為一個通用的流程推廣到其他重要病原體，分析其耐藥及分子流行病學特征，例如應用于一些生長緩慢、難以培養的病原體，包括結核分枝桿菌、支原體、衣原體、病毒等。該方法可以作為細菌耐藥實驗室檢測體系中的重要一環，為指導臨床合理使用抗生素、探索病原體耐藥機制提供新的策略與思路。研究得到中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程和國家自然科學基金的資助。