淋病是由淋病奈瑟菌引起的全球主要公共衛生問題之一。據世界衛生組織估計，在15-49歲人群中每年有7800萬新發感染。我國淋病發病率在2016年至2017年間增長了20.7％。特別是近年來淋病奈瑟菌對抗生素耐藥現象的擴散已大幅降低使用抗生素治療淋病的有效性，從而嚴重威脅淋病控制效果。因此，追蹤耐藥淋病奈瑟菌的傳播是全球監測計劃的一個主要工作。全基因組測序（WGS）已在北美，歐洲和太平洋地區的多個國家使用，以確定淋病奈瑟菌對抗生素的易感性在國家或地區淋病傳播中的影響。

在中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程資助下，我所與醫科院皮研所合作，從中國淋病奈瑟菌抗性監測計劃中獲得了分離自11個省、市、自治區的435株臨床分離株，其中包括112株頭孢曲松低敏株。這些菌株基于多位點序列分型（MLST）研究發現流行的主要序列型（ST）是ST7827、ST7365、ST1600、ST7367和ST7363，未發現美國的主要流行型別ST1901。研究組采用二代測序技術完成了435株淋病奈瑟菌的全基因組測定和分析，將目前國際數據庫中的2077株淋病奈瑟菌全基因組數據納入數據集進行全面的系統發育分析發現，淋病奈瑟菌在進化過程中分為兩個譜系：譜系1和譜系2。美國的主要流行型別ST1901主要分布于譜系2.6和2.1，且分布于譜系2.6的ST1901菌株主要是頭孢低敏/耐藥克隆群，分布于譜系2.1的ST1901菌株是頭孢敏感克隆群，這種區別是傳統的分型方法無法區分的。我國的菌株中分布于譜系2.8的ST7363菌株均含有易導致頭孢耐藥的馬賽克penA結構，且對頭孢曲松的最低抑菌濃度明顯高于分布于譜系2.6的ST7363菌株。

該研究評估了淋病奈瑟菌抗生素耐藥性基因型與表型之間的關聯，并與來自美國和英國的淋病奈瑟菌全基因組數據進行了比較基因組學研究，發現我國的主要流行型別與歐美的流行型別不同。根據系統發育分析提出了全新的淋病奈瑟菌分類方法。該研究是亞洲第一個在國家層面基于WGS的淋病奈瑟菌研究工作，其研究結果不僅可以用作中國未來研究的基線數據，也有助于了解耐藥淋病奈瑟菌在區域和全球層面的傳播情況。